BSC的安裝和使用表明需要采取安全的工作規范來防止污染和感染。現代的生物安全柜經過了廣泛的工程設計，可以很好地控制微生物。但是，它們不能替代良好的工作習慣，只能起到補充安全工人的作用。以下是BSC使用的一般建議。

• 準備工作區
  • 關閉紫外線燈（如果配備）；打開熒光燈。紫外線會灼傷眼睛和皮膚，因此在靠近BSC時，請通過關閉紫外線來最大程度地減少暴露。
  • 檢查空氣格柵是否阻塞；打開風扇（吹風機）。
  • 讓空氣吹掃工作區至少3分鐘。
• 消毒前
  • 用適當的消毒劑噴灑或擦拭所有內表面。
  • 使表面風干。
• 組裝材料
  • 僅介紹執行該過程所需的材料。
  • 在BSC中將物料從左到右（或從右到左）放置，以免接觸干凈和受污染的物品。例如，將清潔的耗材放置在BSC的左側，在中心放置生物制劑，并在BSC的右側收集受污染的物品和廢物（請參見下圖）。
  • 確保正確放置并固定了查看屏幕。

BSC中清潔到臟污（從左到右）的典型布局

• 預吹掃柜
  • 讓BSC風扇運行至少三分鐘，且內部無任何活動（請保持風扇開啟！）。
• 準備自我
  • 穿戴適當的防護服，手套，呼吸器等。
• 執行程序
  • 減少手術過程中手臂的移動；進入或退出時，將手臂伸直或移出BSC。
  • 從清潔區域到污染更嚴重的工作區域進行工作（請參見上圖）。在機柜中工作時，請勿例行將物品從BSC運出。
  • 將手套移到受污染的材料容器中，以生物危害性廢物的形式收集。將所有廢物收集在BSC內部的生物危害廢物容器中；不要直接將廢物丟棄在BSC之外。
• 清理和消毒后
  • 將可能受污染的材料放在生物危害性袋子或其他合適的容器中。
  • 用適當的消毒劑擦拭BSC中所有物品的表面。
  • 表面除污后，從BSC中清除所有物品，并適當地高壓滅菌（或以其他方式消毒）廢物和其他受污染的材料。
  • 消毒BSC的所有內表面。
• 個人衛生
  • 脫掉防護服，呼吸器等，并進行適當的處??置。
  • 洗手。
• 凈化后柜
  • 保持空氣吹掃時間（至少三分鐘），且內部無任何活動（保持風扇打開！）。
• 關機柜
  • 關閉鼓風機和熒光燈。
  • 打開紫外線燈（如果配備）。